Sauermilchkäse entsteht, indem entrahmte, unpasteurisierte Rohmilch mit einem Fettanteil von 3,5 bis 5 % der natürlichen Säuerung unterzogen wird. Die in der Milch enthaltenen Milchsäurebakterien trennen dabei die Flüssigkeit vom Milcheiweiß (Kasein), das hierdurch verklumpt. Danach wird das Kasein abgeschöpft und die Molke bleibt zurück. Ausgedrückt entsteht so zunächst der Frischkäse. Typische Sauermilchkäse sind zum Beispiel Harzer, Mainzer, Hütten- und Frischkäse oder auch Mozzarella. Sauermilch-Frischkäse kann später durch die Zugabe von speziellen Bakterien („Rotschmiere“) oder Edelschimmel nochmals verfeinert werden.
Süßmilchkäse (Labkäse) entsteht auf eine vollkommen andere Art und Weise. Zunächst wird die entrahmte Rohmilch pasteurisiert, die Milchsäurebakterien werden abgetötet. Danach wird ein bestimmtes Enzymgemisch zugegeben, das natürlicherweise im (Lab-)Magen des Rindes vorkommt. Die Enzyme sorgen dafür, dass das Milcheiweiß Kasein ausgefällt wird, bewirken also denselben Prozess, der auch bei Sauermilch stattfindet. Der Unterschied ist nur, dass hierbei keine Säuren entstehen, was den Käse eher süßlich macht. Der Labkäse bildet die Grundlage für die meisten Sorten: Er ist die Basis für so gut wie alle Hart-, Schnitt- oder Weichkäse.
Molkeneiweißkäse wird aus der (je nach Verfahren süßen oder sauren) Molke gewonnen, die nach dem Abschöpfen des Kaseins übrig bleibt. Hier werden keine Enzyme oder Bakterien zugeführt, sondern die Molkeneiweiße durch Erhitzung ausgefällt. Zu den bekanntesten Molkeneiweißkäsen zählen der italienische Ricotta und der griechische Manouri.